El día de San Juan Bautista del año 1120, Alfonso I el Batallador entraba en Calatayud. En recuerdo de ese día, y en honor del santo, se procedió a la consagración de una de las mezquitas musulmanas, para dedicarla al culto cristiano.
Parece razonable pensar que sería esta mezquita la primera y más antigua de las varias con que contó la ciudad. Levantada antes de que, la primera de las ampliaciones de Calatayud, en el siglo IX, propiciara la construcción de la que hoy es colegiata de Santa María la Mayor, y en aquellos tiempos mezquita mayor.
Escasas son las noticias que han llegado a nosotros sobre esta iglesia. Sabemos que el templo constaba de tres naves y crucero. Los historiadores y los documentos nos hablan de las importantes reformas llevadas a cabo en su fábrica a mediados del siglo XV (años 1456 y 1457) en que los hermanos Farach y Brahem el Rubio, construyeron un cimborrio. Con este mismo motivo rehicieron y reforzaron los arcos torales y los pilares del crucero con sobrearcos y pilares cuadrados adosados. El cimborrio se construyó con madera de olivo, y se concluyó cincelando y pintando el artesonado, todo ello tomando como modelo el de la capilla del Arzobispo, en la catedral de Zaragoza. Al exterior se concluyó según estaba entonces el cimborrio, hoy desaparecido, de la vecina parroquia de San Andrés. Las ventanas eran de tracería calada.
Está comúnmente admitido que la portada era obra de Juan de Talavera y Esteban Obray, que la ejecutaron después de concluir la de Santa María. De estilo protorrenacimiento aragonés, constaba de tres pisos: el inferior, de orden jónico, soportaba otro de orden compuesto, y entre sus columnillas se abrían nichos adornados con esculturas. Remataba la obra un medio relieve del Bautismo de Cristo, a cuyos lados se colocó la inscripción "Inter natos mulierum non surrexit major Joanne Baptista" y el año "1534".
En el siglo XVIII, con el pretexto de que amenazaba ruina, se trasladó el culto al desalojado templo del Pilar, de la Compañía de Jesús, que desde entonces pasó a llamarse de San Juan el Real. El altar mayor se conserva en Sediles sin la imagen titular que se sustituyó por una cruz, ya que aquella se colocó en el retablo mayor de la iglesia de San Juan. Poco más tarde se procedió a su derribo.
Bibliografía específica sobre la iglesia de San Juan de Vallupié
CALVO ESTEBAN, R.: Aportaciones al estudio de la escultura aragonesa del siglo XVI: el retablo de San Juan de Vallupié [Tesis de licenciatura], Zaragoza : Facultad de Filosofía y Letras, 1985. Inédita
HERNANSANZ, A. et al.: "Aportaciones a la escultura aragonesa del siglo XVI: ... retablo mayor de San Juan de Vallupié ... (resumen Tesis de licenciatura), Artigrama, 2, Zaragoza : Universidad de Zaragoza, Departamento de Arte, 1985, pp. 297-305
SARRIÁ ABADÍA, Fernando et al.: "La iglesia de San Juan de Vallupié: un programa de salvación. (Probablemente dirigido a la población morisca)", en Destierros Aragoneses. I. Judíos y Moriscos. Ponencias y Comunicaciones, Zaragoza : Institución Fernando el Católico, 1988, pp. 341-351
ORTIZ YAGÜE, Mª José: Recuerdo
artístico de San Juan de Vallupié, (inédito),
Calatayud, 32 fols.