Tenía cuatro capillas laterales a cada lado de la nave, de distinta profundidad entre sí y posteriores a la fábrica mudéjar de finales del XIV, a excepción de la segunda y tercera capillas de la derecha, que según el informe de 1845, eran de la misma época y probablemente de poco profundidad según el tipo de planta gótico levantina, que adoptaron los franciscanos y dominicos en la Baja Edad Media.

Las cuatro capillas de la derecha habían sido ya derribadas, cuando Abbad realizaba su Catálogo ya mencionado.

La segunda capilla de la izquierda era, sin duda alguna, la de mayor magnificencia y ornato de todas; correspondía a la familia Liñán, cuyas armas se ven en la fotografía publicada por Amada. Tenía una portada monumental en arco de medio punto, flanqueada por dos columnas de fuste estriado helicoidalmente y de orden corintio, sobre las que cerraba un establamento cuyo friso corrido presenta copiosa decoración, entre la que destacan cuatro cabezas de ángeles. La cornisa remata en frontón curvo partido y arrollado, culminado por un pequeño ático, de estructura similar, que encierra en su parte central las armas de la familia, y con remates de bolas de tradición escurialense. A ambos lados de este ático y sobre el gran frontón, cobijados bajo los arranques de los nervios de la bóveda mudéjar, están las esculturas de San Pedro y San Pablo. El interior de esta capilla era de planta cuadrada, y estaba cubierta por una cúpula sobre pechinas, decoradas con escudos y rematada por una linterna cerrada con el sistema de nervios cruzados dejando un hueco central, de tradición mudéjar. Todo el intradós de la cúpula presenta una decoración de yeso, recargada y a base de cartelas, guirnaldas, cabezas de querubines y medallones ovales con bajorrelieves de los Profetas y Reyes del Antiguo Testamento, labor que Abbad relaciona con la escultura del retablo mayor de la colegiata de Santa María, pudiéndose datar toda la obra en los comienzos del siglo XVII. De otras capillas de este lado izquierdo, una de ellas presentaba portada de estilo renacentista, rematada en frontón, y en su interior bóveda cubierta por crucería estrellada, como era frecuente en el siglo XVI; la otra, finalmente, sería de época mudéjar, según Abbad.

Había un coro alto a los pies, y tras el altar mayor una capilla servía de Panteón a los condes de Contamina.

Por el exterior destacan, además de los contrafuertes del ábside, y una faja de dientes de sierra bajo la cornisa del tejado originario, formada por apeos de ladrillo aplantillado en degradación, la torre situada a media altura del lado derecho. Era esta torre, de la que tenemos fotografía, de planta cuadrada y tres cuerpos, de los que el último es ya renacentista. El primer cuerpo presenta decoración de varias fajas de dientes de sierra, y va separado del segundo por una imposta. El segundo cuerpo, realizado para alojar las campanas, nos presenta en cada cara dos ventanas en arco apuntado sobremontadas por una faja de dientes de sierra, y sobre ésta un segundo piso de vanos, en número de cuatro, y cerrados en arco angular por aproximación de hiladas. Es un sobrio y espléndido ejemplar mudéjar, que se corona con otro cuerpo de campanas, con un vano grande en arco de medio punto e imposta volada. (Gonzalo M. Borrás Gualis / Germán López Sampedro)