Nació en Calatayud en 1539 y fue el primogénito de una hidalga familia bilbilitana, documentada ya desde 1259. Estudió humanidades, música y jurisprudencia en la universidad de Salamanca. Dedicado en su juventud a la buena vida hasta que, influido por el jesuita Juan Ramirez, y bajo la protección de sus tíos Antonio Agustín, obispo de Lérida, y Pedro, prior del Sepulcro de Calatayud, se ordenó sacerdote ostentando la dignidad de limosnero de La Seo de Zaragoza, que le fue resignada por el segundo de ellos, en 1579. Trasladado a Madrid con una comisión de la capital aragonesa cerca de Felipe II, el rey determinó que permaneciera a su lado, dándole plaza en el Consejo de Indias. Enviado a Roma, comisionado para entrevistarse con el Papa y posteriormente con el rey de Francia, emprendió el viaje y, a su paso por la ciudad bilbilitana, enfermó y falleció en ella en 1591. A Rodrigo Zapata, hombre dotado de clarísimo ingenio, correcto escritor y uno de los mejores oradores de su tiempo, se debió el establecimiento de los jesuitas en Calatayud.