El templo de este convento es de nave única, de cabecera recta, con crucero poco saliente, con capillas laterales. La nave consta de cinco tramos cubiertos con bóveda de lunetos, más el crucero cubierto con cúpula sobre pechinas y el tramo del presbiterio, también con lunetos. Un coro alto, a los pies, ocupa los dos últimos tramos, que son más cortos. Las dos capillas laterales del lado izquierdo, entre los contrafuertes, se cubren con bóveda de lunetos; frente a ellas, en el lado derecho, las capillas tienen mayor profundidad, y se cubren con cúpula sobre pechinas. La ornamentación se limita a las pilastras adosadas de orden toscano que separan los tramos.

Lo más destacable artísticamente es un pequeño altar relicario, del siglo XVII, en cuya hornacina central hay una talla más tardía, muy barroca, del siglo XVIII con San Elías blandiendo su espada de fuego y a los pies dos sacerdotes de Baal.

En los dos brazos del crucero sendos retablos de madera con estipites y rocalla, de medidos del siglo XVIII, dedicados respectivamente a San José y a la Virgen del Carmen, cuyas tallas son de discreta factura.

A ambos lados del altar mayor hay dos tallas barrocas de Santa Teresa y San Juan de la Cruz.

Finalmente, en una capilla lateral del lado derecho, un retablo de mazonería del siglo XVII, con columnas de orden corintio y frontón curvo partido.

Hay un paso procesional de "Jesús con la cruz a cuestas, cuya cabeza es del artista bilbilitano Gabriel Navarro. (Gonzalo M. Borrás Gualis / Germán López Sampedro)