Calcena posee en su término dos yacimientos prehistóricos: una cueva sepulcral, la Cueva Honda, y una cueva de habitación, la Cueva Hermosa. La primera contenía material de época neolítica (una cerámica con asa y fondo cónico) y eneolítica (restos humanos acompañados de cerámica campaniforme). La Cueva Hermosa, cercana a la Cueva Honda, entregó en una prospección inicial un triángulo de retoque en doble bisel asociado a cerámicas lisas. No han aparecido por el momento restos humanos, y puede adscribirse a la época neolítica. (María Pilar Utrilla Miranda)

Existe un tercer yacimiento, la Cueva Bolichera, donde se han encontrado restos de la misma época.